第十六章 “烟酒僧”Routine（五）——周末（中）17（2 / 2）

“Western”，全称“Westernblot”，即“Western印迹”、“蛋白免疫印迹”，也是大伙通常所说的“蛋白实验”、“跑蛋白”。该实验操作大致包括蛋白电泳、转膜、抗体孵育、显影。

简单来讲，就是先让蛋白质变性，然后利用电泳手段，将该蛋白按分子量大小，在电泳胶中进行分离。紧接着利用电场作用，将胶上的蛋白条带，转移至印迹纸上。然后，将该印迹纸孵育特定的蛋白抗体。这一抗体俗称“一抗”，即“第一抗体”，其须能与该蛋白发生特异结合。接着孵育配对“一抗”的通用商业抗体“二抗”，也俗称“抗体的抗体”。

抗体的宿主物种来源，包括了鼠、兔、羊、驴等等。譬如，若“一抗”为兔源，则“二抗”为其它物种的“抗兔二抗”，如“驴抗兔二抗”、“鼠抗兔二抗”等等。

最后，进行蛋白条带显影。以上方法，可以根据抗体的结合作用，用来检验该蛋白的浓度。

抗体效价不高，通俗来讲，一般指该抗体与目的蛋白的结合能力不足，导致最后显影效果不佳，无法清楚说明该蛋白的浓度高低。

郭子昱接着诉苦：“我已经调整过三次实验方案了，可如今得到的蛋白图，还是很模糊。我实在是‘没辙儿’了。”

“难道现在要找其他公司，重新做一管抗体吗？可就算是做成了，这时间上肯定也来不及了。”郭子昱掰起了手指，数了数剩下的日子，“唉，deadline、deadline，我感觉我就要变成‘dead’的了……”

“你别慌啊！”陈幸安慰道，“你有没有试过‘加大样本量’，或者……‘增加抗体浓度’、‘延长抗体孵育时间’之类的？”

郭子昱又点了点头，回答道：“都试过了，而且这抗体的稀释比例、孵育时间、‘二抗’浓度，都是师兄师姐之前摸索好了条件，我们一直‘套用’的。我昨天还特地稀释了一支新的抗体呢！”郭子昱垂头丧气，“幸儿，我是真觉得自己不擅长做科研……”

之前郭子昱“倒苦水”，通常都是“开玩笑式”的“假正经”，说过就算，陈幸只当他是发发牢骚。唯独有一次，令陈幸印象最为深刻——那是两人刚在一块儿，谈恋爱还不到一周的时候。当时郭子昱所在的课题组，手头上的肺癌临床数据不足，又没有多余的经费请公司做生物芯片，因此，他的导师希望能从公共数据库中，获取可用的临床数据，从而挖掘潜在的“肺癌耐药相关因子”……于是，导师便将这重要的任务，交给了入学半年的郭子昱。

全球可供免费获取的医学公共数据库倒是不少，当时肿瘤医生用得最多的，当属美国国家癌症研究所开发的“癌症基因组图谱”数据库，又称“TCGA（TheCancerGenomeAtlas）”。该数据库涵盖了33种肿瘤类型，上传了多方研究者提供的癌症临床数据，包括肿瘤组织、正常组织、癌旁对照组的各项图谱——基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组数据，以及患者的肿瘤病理、癌症分期、生存情况等。

从网上获取原始数据并下载，倒也难不倒郭子昱，令他头疼的，主要是后期数据的处理问题。

TCGA提供的数据集，样本量非常大。每一个样本，均以字母和数字的组合来命名，以便于相互区分并归类。因此，数据使用者需要有一定的计算机编程基础，例如R语言、Python、Perl或Linux操作系统等等。同时，使用者必须具备扎实的统计学理论知识，才能利用这些语言编辑器，从庞大的数据中获取自己想要的“精髓”部分。

郭子昱虽然有统计学的底子，本科也修过《生物信息学》，但他的信息学基础相对薄弱——如今让郭子昱直接上升到应用层面，他自然是吃不消的。

“我每天看着这一行接一行的R语言代码就‘头大’……”郭子昱向陈幸诉苦，“还不如让我值一周的大夜班呢！”

陈幸建议道：“问问你的师兄师姐啊，他们应该也做过类似的数据处理吧。”

“做倒是做过，不过啊，那些代码啥的，基本上都是从网上‘复制粘贴、生搬硬套’的，没有多少是属于‘自己的东西’。”

网上的相关代码“满天飞”，可谓“五花八门”。虽然大多也能“殊途同归”，但这些代码毕竟是“提供者”自己写的，需要“使用者”逐字逐句看懂。有时一旦更改了某个看似“无关紧要”的代码，便可能出现“系统报错”，或者得出“南辕北辙”的处理结果。

还有不少生物相关行业，开始专程开班授课，教授广大科研人员如何利用R语言，对各大数据库的数据进行分析处理。

当时陈幸进实验室也不过半年——正值入校第四载，她迈入研究生预备期，日常主要是熟悉实验操作。尽管陈幸的信息学基础扎实，但她也从未接触过如此庞大的数据处理。于是在郭子昱“一吐为快”之后，陈幸便求助于自己实验室的各位“前辈”。

“TCGA提供的代码有些繁琐，而这网上的呀，终归不是自己写的，用着总还是有些不放心的。”

有位师兄倒是很钦佩：“小师妹这是提前做功课呢，先把数据处理学会了，到时候啊，你就能自己从数据库中挖掘课题了……”

带陈幸做实验的师姐也很热心：“我手头上有现成的代码，你到我电脑上拷贝一份就行。不过呢，你最好还是自己亲自写一套，这样以后用着也放心不是？”

郭子昱觉得陈幸的“前辈们”说得有理，于是他咬了咬牙，狠下心，充值了某个生物培训机构的“VIP终身会员”，下决心“从头学起”，一步一个脚印。陈幸也陪着他，从基础R语言学习，到利用代码下载并处理数据，直至从数据库中发现潜在的“癌症相关因子”……两人一路扶持，最终，郭子昱总算是“过五关、斩六将”，解决了自己科研生涯的“第一道难题”。